โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 49 เดิมชื่อโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ตราด จัดตั้งเมื่อวันที่ 13 มกราคม พุทธศักราช 2541  เป็นโรงเรียนในพระราชดำริภายใต้โครงการทับทิมสยาม ในสมเด็จพระเจ้าน้องนางเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี กรมพระศรีสวางควัฒน วรขัตติยราชนารี โดยตั้งอยู่ที่ หมู่บ้านทับทิมสยาม01 หมู่  7  ตำบลด่านชุมพล อำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด 

โดยโรงเรียนมีพื้นที่ทั้งหมด 258 ไร่ 1 งาน 67 ตารางวา เป็นประเภทเป็นโรงเรียนขนาดเล็ก สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ มีเป้าหมายเพื่อรองรับเด็กด้อยโอกาสทางการศึกษา ในบริเวณพื้นที่รอยต่อชายแดนไทยกัมพูชา ในภาคตะวันออก เปิดการเรียนการสอนในระดับประถมศึกษา และมัธยมศึกษา แบบสหศึกษา ประเภทอยู่ประจำ

ต่อมามูลนิธิราชประชานุเคราะห์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ มีความประสงค์รับโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์เดิมทั่วประเทศไทย เข้าเป็นโรงเรียนราชประชานุเคราะห์เพื่อเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชรัชกาลที่ 9 มีพระชนมายุครบ 84 พรรษา โดยให้อยู่ในความอุปถัมภ์ของมูลนิธิราชประชานุเคราะห์ ในพระบรมราชูปถัมภ์ เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พุทธศักราช 2556 ภายหลังจากนั้นกระทรวงศึกษาธิการ จึงได้ประกาศเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากเดิมคือโรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ตราด มาเป็นเป็นโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 49  จังหวัดตราด นับเเต่นั้นเป็นต้นมา